Una vez que Kakashi logra detener a Kinoe y Kukimi estos se enfrentan mientras que Yukimi corre hacia el refugio donde Orochimaru ya ha tomado la vida de todo el clan, cuando Yukimi intenta escapar es perseguida mientras que Kakashi y Kinoe van en su ayuda pero Orochimaru la lleva mas profundo, para sacar su sangre, los intengrantes del clan hacen una guia de donde esta Yukimi, pero cuando llegan Orochimaru escapa. Kinoe usa el Mokuton y con el ultimo esfuerzo del caln logran salvar a Yukimi la cual ya no teme que el viento sople, a lo que Kakashi decide volver a la aldea y Yukimi toma su propio camino.
Danzō le encarga a Kinoe obtener el Sharingan de Kakashi como sea ya que el que posee esta desgastado para su lucha con los Uchiha, Mientras que el Hokage asigna a Kakashi a investigar uno de los laboratorios de Orochimaru que fue encontrado cuando este llega Kinoe lo acompaña pero esperando el momento para atacarlo, tras indagar por todo el lugar Kinoe se lanza contra Kakashi donde el Mokuton y el Sharingan se enfrentan con todo su poder, la ira de Kakashi se desata cuando Kinoe le exige una explicacion tras la muerte de Rin, donde este alega que simplemente no pudo protegerla, tras usar el Chidori y acorralar a Kinoe, en uno de los contenedores se aprecia la figura de una serpiente.
Kakashi logra retener a Kinoe, pero una serpiente que se escapa los ataca tragandose a Kinoe, Kakashi inmediatamente logra salvarlo aniquilando a la serpiente pero poco después el cadáver se transforma en gas venenoso donde Kakashi inhala un poco, Kinoe se enfrenta si debe cumplir su misión o salvar a Kakashi, después de ello le entrega a Danzō un ojo falso este al darse cuenta ordena que le pongan un sello, mientras que Kakashi habla con el tercero sobre lo sucedido y pide que este hable con Danzō para que Kinoe sea un ANBU de Konoha y no de Raiz, Cuando parece que va a ver un enfrentamiento en Raiz entre Kakashi y Danzō el tercero aparece y logra razonar con este y finalmente logra dejar ir a Kinoe ser un ANBU de Konoha.
En el grupo de los ANBU se ha unido un miembro del clan Uchiha, se trata de Itachi Uchiha el cual se convierte en el integrante mas joven con solo once años. Por otra parte el tercer Hokage envía a Gui llevar un pergamino al país de los bosques y que el traiga uno por parte de ellos, pero aparte de eso envía a Kakashi e Itachi como escoltas secretos. Cuando Gui llega al punto de encuentro los shinobis del país de los bosques los traicionan con un pergamino bomba, del cual salen ilesos, allí Kakashi e Itachi intervienen, donde logran acabar con todos. Después de aquella misión, este le pregunta a Kakashi como obtuvo su Sharingan y si es miembro del Clan Uchiha, donde Kakashi afirma que no y el sharingan es un obsequio de un amigo. En una reunión secreta del clan Uchiha el padre de Itachi le pide contar que ha podido averiguar de los altos miembros de la aldea, pero Itachi observa la piedra con el grabado y se pregunta que significa
Los cazadores ANBU vigilan las 24 horas a todo el clan Uchiha, entre ellos Itachi, los altos de Konoha discuten si fueron ellos los que causaron el ataque a Konoha, pues el Sharingan es capaz de controlar al Kyūbi, Danzō es quien desconfía, mientras que Shisui Uchiha le propone al Tercero intentar resolver el conflicto y desconfianza de Konoha y los Uchiha si eso llegase a incluye usar su Kotoakatsumi. Cuando el padre de Itachi convoca a todos a una reunión, Danzō quien se reúne con Shisui, le roba su ojo derecho, y esa misma noche le entrega su ojo izquierdo a Itachi pues el ya no puede hacer nada, pero poco después de la muerte de Shisui las cosas han empeorado e Itachi no sabe que hacer pues no puede apoyar a ambos
Itachi es asignado como el líder de los ANBU a la edad de trece años, mientras que el Hokage es informado de que alguien ha estado pasando la barrera que rodea la aldea, por lo que envía a Kakashi al distrito Uchiha a investigar que pasa, una vez allí con Guy se dan de cuenta de la desconfianza del clan Uchiha. Por otra parte Itachi le informa a Danzō todo lo que el clan pretende hacer, entre eso el inminente golpe de estado, Itachi logra hablar con Tobi (Obito) para que le ayude a acabar con todo el clan a cambio de que Itachi se una a Akatsuki, despues de llegar al acuerdo y lograr su cometido Itachi se convierte en un ninja desertor. Pasado algunos días el hokage le pide a Kakashi abandonar a los ANBU y entrar a ser supervisor en la academia ninja.
